根据您提供的信息，如果乌龟的甲壳出现溃烂的情况，并且已经有一段时间，那么很有可能是腐甲病。腐甲病，正如您所提到的，通常是因为甲壳受损或受挤压后，病菌侵入龟甲内引起的。这种病状在长时间处于水中或者湿度较高的环境中尤其容易发生。
以下是一些具体的判断和建议：
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症状确认：
- 观察甲壳上是否有明显的溃烂、软化或者破损区域。
- 检查溃烂区域是否有异味。
- 注意乌龟的活动量和食欲是否有所下降。
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环境因素：
- 长时间将乌龟放在水中，可能会导致甲壳受损处恶化，因为水中可能含有细菌和其他病原体。
- 水质不佳、水温过高等环境因素也会增加腐甲病的发生几率。
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处理建议：
- 隔离治疗：将患病的乌龟从其他宠物中隔离出来，以免传染。
- 清洁水质：确保水质清洁，使用适当的过滤系统，定期更换水质。
- 干养：将乌龟放置在干燥的环境中，可以让甲壳自然风干，促进伤口愈合。
- 局部处理：使用消毒剂（如碘酒）轻轻清洁溃烂区域，但要注意不要让乌龟误食。
- 咨询兽医：如果症状严重或持续恶化，应及时咨询专业兽医进行诊断和治疗。
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预防措施：
- 定期检查乌龟的甲壳，确保没有损伤。
- 提供合适的栖息环境，保证水质清洁，避免过度潮湿。
- 定期给乌龟晒太阳，有助于增强其甲壳和免疫系统。
总之，如果您的乌龟甲壳出现溃烂，建议及时处理，并且尽量避免长时间将乌龟放在水中。如果确认是腐甲病，应采取上述措施，并密切观察乌龟的状况，必要时寻求兽医的帮助。